■3月25日〜4月30日までの羽田〜石垣線運航スケジュール
羽田発石垣行き
ANA89便 羽田6:15発 石垣9:20着
JTA71便 羽田6:50発 石垣10:05着
ANA91便 羽田11:30発 石垣14:40着
JTA73便 羽田14:10発 石垣17:25着
石垣発羽田行き
JTA70便 石垣10:45発 羽田13:30着
ANA90便 石垣12:45発 羽田15:25着
ANA92便 石垣15:35発 羽田18:15着
JTA76便 石垣19:15発 羽田22:00着
旧空港時代は滑走路が1500メートルしかなく、ボーイング737型機までしか離着陸できず、燃料を満載するとボーイング737型機でも離陸できないことから、往路は直行便、復路は宮古経由でJTAは運航していた。2013年3月7日の新石垣空港開港後は、滑走路が2000メートルになったことで、ボーイング767型機、ボーイング787型機、更にはボーイング777ー200型機までの発着ができるようになり、往復共に羽田からの直行便が可能となり、JTAは往復直行便化し、ANAは運休していた羽田〜石垣線を2013年3月31日に再開させた。2年後の2015年3月から1日2往復体制となり、機材も大型化され、年間を通じて2往復のうち1往復はボーイング787-8型機(335席乗り)が投入されている(もう1往復は、270席乗りのボーイング767-300型機)。繁忙期にはボーイング787-9型機(395席乗り)やボーイング777-200型機(405席乗り)などの大型機も投入されている。JTAは2往復共にボーイング737-800型機(165席乗り)で運航されている。
便数が増えて機材が大型化しているにも関わらず、満席で直行便が取れないという声が旅行者から多く聞こえる。ANAは、新石垣空港開港から1792日目となる今年1月31日にANAの石垣空港利用者が500万人を突破し、路線別の利用率(搭乗率)も発表されたが、羽田〜石垣線の利用者は約5年(1792日間)で138万1293人が利用。平均利用率が83.2%となった(石垣路線全体では72.0%)。この数字は閑散期も含めた数字であり、観光シーズンであれば9割以上の利用率になる。
フードコートが充実しており、日本最南端のスターバックスもある