2階建て車両の平屋(乗務員室寄り)と2階はグリーン車指定席。市販の時刻表では「パノラマシート」と銘打つ。2階席から眺める瀬戸内海、乗務員室寄り席からの前面展望は魅力だが、リクライニングシートは頭部と座面の形状、リクライニングの角度、背面テーブルの有無、シートピッチを除き、普通車指定席と変わらない。
ほかに共通する点は、車両の構造上、1・2階席に荷棚を設置できないので、荷物置き場を設けている。
1階と平屋(トイレ付近)の普通車指定席は、グリーン車指定席に比べ若干グレードを落とした以外、居住性はよい。指定席料金は520円(日によって320円)。また、通勤ライナー、ホームライナー的な役割もある。
普通車指定席の平屋部分。乗降用ドアは、ボタン操作による半自動式で、車内保温の維持に努めている。
平屋部分は1人掛け座席が2席設置され、うち1つは車椅子スペース。トイレは車椅子対応と男性用の2つを設けた。
なお、JR四国では、快速〈マリンライナー〉当該列車の発車1時間以上前に購入したグリーン券、指定席券については、車内改札を省略している。