【2026年最新版】「マイナポータル」から確定申告をする方法

2026年の確定申告は、マイナポータルで取得できる情報が増えたことでより便利になった。医療費控除や住宅ローン控除など、会社員でも確定申告が必要な場面は多い。

本記事では、マイナポータルを使った確定申告のやり方、いつからいつまで申告できるのか、2026年から新しく対応したデータなどの最新情報を解説する。

マイナポータルを利用した確定申告とは？2026年の変更点

マイナポータルを使えば、確定申告に必要な証明書等のデータを取得し、申告書へ自動で入力できる。2026年からは取得可能なデータが増え、さらに便利になっているのでチェックしよう。

■マイナポータル連携では何ができる？

マイナポータルと「e-Tax」「e-私書箱（野村総合研究所）」「民間送達・e-Tax連携サービス」などの外部サイトを連携させることで、以下のデータを取得し、確定申告書に入力できる。

収入関係	マイナポータルで取得できる情報
給与所得	源泉徴収票 ※勤務先がe-Taxなどで電子提出している場合
公的年金	公的年金等の源泉徴収票
株式などの譲渡所得	特定口座年間取引報告書
【2026年から】生命保険の一時金・年金など	生命保険契約等の一時金及び年金の支払調書
【2026年から】損害保険の満期返戻金・年金など	損害保険契約等の満期返戻金及び年金の支払調書

控除関係	マイナポータルで取得できる情報
医療費控除	医療費通知情報 ※健保組合・協会けんぽ等が発行する「医療費のお知らせ」
ふるさと納税 【2026年から】ふるさと納税以外の寄附金控除	寄附金受領証明書・寄附金控除に関する証明書
生命保険料控除	生命保険料控除証明書
地震保険料控除	地震保険料控除証明書
社会保険料控除	国民年金保険料控除証明書 国民年金基金掛金控除証明書
住宅ローン控除	年末残高等証明書 住宅借入金等特別控除証明書
iDeCo	iDeCo（個人型確定拠出年金）掛金払込証明書
小規模企業共済等掛金控除	小規模企業共済等掛金控除証明書

2026年からは新たにふるさと納税以外の寄附金データ、生命保険や損害保険の一時金・年金・満期返戻金などの支払調書が取得可能となった。

※参考：マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧｜国税庁

■2026年の確定申告はいつからいつまで？

令和7年分（2025年1月1日〜12月31日分）の所得税の確定申告期間は、2026年2月16日（月）～3月16日（月）まで。e-Taxを利用すれば24時間受付が可能だ。※メンテナンス時間除く。

なお、贈与税の申告期間は2月2日（月）〜3月16日（月）。還付申告（払いすぎた税金の戻し）は、1月1日以降から5年間提出できる。

マイナポータル連携による確定申告のやり方

マイナポータル連携を使った確定申告は、事前準備をすませておけば、スマホやパソコンから簡単におこなえる。

■事前準備（マイナンバーカードとマイナポータルの連携、各種証明書の取得）

マイナポータルを利用したことがない場合は、まず以下のものを用意してマイナポータルで利用者登録をおこなう必要がある。

【必要なもの】

• マイナンバーカード
• 利用者証明用電子証明書パスワード（4桁の数字）
• マイナンバーカード読取対応のスマホ（PCの場合はICカードリーダ／ライタ）
• マイナポータルアプリ（スマホの場合はインストールしておく）

マイナポータルにアクセス後、画面の案内に従ってマイナンバーカードを読み取れば利用者登録は完了する。

登録後は、メニューの「確定申告」から「確定申告の事前準備」ページにアクセスし、生命保険料控除証明書や住宅ローンの控除関連書類など取得したい証明書を選択しよう。

選択したそれぞれの証明書によって、以下のような外部サービスとマイナポータルの連携手続きを行う必要がある。

【マイナポータルと連携する外部サービス】

• e-Tax：給与所得の源泉徴収票、住宅ローン控除関係書類、社会保険料控除証明書など
• e-私書箱：生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書、iDeCo（個人型確定拠出年金）掛金払込証明書など
• 民間送達サービス：保険会社や金融機関が発行する各種証明書など
• 厚生労働省：医療費通知情報

これらの設定には数日かかる場合もあるため、確定申告期間の前に余裕を持って連携しておこう。

※参考：確定申告の事前準備（マイナポータル）

■確定申告書等作成コーナーでの申告手順

証明書の取得が完了したあとは、以下の手順で確定申告をおこなう。

【事前準備完了の確認】

1. マイナポータルの「確定申告の事前準備」ページで、必要な証明書等の取得状況が「完了」になっていることを確認
2. マイナポータルの「e-Taxで確定申告をはじめる」ボタンをタップ

【確定申告書等作成コーナーでの作成】

3. 国税庁「確定申告書等作成コーナー」に遷移
4. 「作成する申告書等を選択」画面で、マイナポータル連携について「連携する」を選択
5. マイナポータルの認証を行う（マイナンバーカードの読み取り）
6. 取得済みの情報（医療費通知、寄附金証明、保険料控除証明など）が申告書に自動入力される
7. 自動入力された内容を確認し、不足している情報があれば手動で追加入力
8. その他の所得情報などを入力
9. 内容を確認し、e-Taxで送信（マイナンバーカードでの電子署名が必要）

マイナポータルで証明書等のデータ取得を完了させてから、確定申告書等作成コーナーで申告書を作成するのがポイントだ。

■スマホで申告する場合はスマホとマイナンバーカードの一体化が便利

スマホで確定申告する場合は、スマホにマイナンバーカードを連携しておくと、マイナポータルや外部連携サービス（e-私書箱など）へのログイン時にFace IDやTouch IDなどの生体認証を利用できて便利だ。iPhone、Android端末のいずれもマイナンバーカードを搭載できる。

※参考：スマートフォンのマイナンバーカード｜デジタル庁

ケース別：マイナポータルでの確定申告【会社員向け】

会社員が確定申告する代表的な2つのケース（医療費控除、住宅ローン控除）でマイナポータル利用時の注意点を見てみよう。

■ケース1：医療費控除の申告

マイナポータルで取得できる医療費通知情報は、健康保険組合や協会けんぽが発行する「医療費のお知らせ」に基づいている。ただし、自動取得されない医療費情報（以下）もあるため注意したい。

• 通院にかかった交通費（電車・バス・タクシー代など）
• 自費診療などの保険外診療
• はり・きゅう等の施術費用
• 整骨院・接骨院の柔道整復療養費

これらは自動取得されないが、治療に関わる費用であれば医療費控除の対象となるため、申告書作成時に手動で入力しよう。

■ケース2：住宅ローン控除の申告

住宅ローン控除は、初年度（住宅取得1年目）のみ確定申告が必要となる。会社員の場合、2年目以降は年末調整で処理可能だ。

【初年度の確定申告に必要な主な書類】

• 住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書（※）
• 登記事項証明書（法務局で取得。オンライン請求可能）
• 不動産売買契約書または請負契約書の写し
• 源泉徴収票（スマホ撮影で自動入力可能）
• 住宅の性能を証明する書類（認定長期優良住宅、ZEH水準省エネ住宅、省エネ基準適合住宅の場合）

※令和6年（2024年）1月以降に居住開始した場合はマイナポータルから取得可能。ただし、金融機関が未対応の場合10月〜1月頃に郵送される

確定申告書をe-Taxで送信したあと、その他の書類（登記事項証明書、契約書、性能証明書など）は、スマホなどで撮影しイメージデータ（PDF）で送信するか、郵送で税務署へ提出する。

マイナポータルでできること・できないこと【自営業者・個人事業主向け】

自営業者・個人事業主の場合、事業所得の計算・書類作成は別途行う必要があるが、各種控除証明の取得にマイナポータルを活用できる。

■青色申告決算書・収支内訳書の作成はマイナポータルではできない

事業所得の申告に必要な青色申告決算書や収支内訳書は、従来通り、国税庁「確定申告書等作成コーナー」や会計ソフト（弥生、freeeなど）を使って作成する。

■個人事業主の確定申告の流れとマイナポータルの活用

自営業者・個人事業主が「確定申告書等作成コーナー」とマイナポータル、e-Taxを組み合わせて申告する場合の流れは以下の通り。

1. マイナポータルで各種控除証明書等のデータ取得手続きを完了しておく
2. 国税庁「確定申告書等作成コーナー」に遷移
3. 「作成する申告書等を選択」で「決算書・収支内訳書（＋所得税）」を選択
4. マイナポータル連携について「連携する」を選択（事前に取得済みのデータを利用）
5. 青色申告決算書または収支内訳書を作成（事業所得の計算）
6. 所得控除の入力画面で、事前に取得した控除証明が自動入力される
7. 内容を確認し、必要に応じて追加入力
8. e-Taxで送信

なお、会計ソフトを利用した場合は、会計ソフトがマイナポータルやe-Taxとの連携機能を備えているため、青色申告決算書・収支内訳書の作成後は、そのまま各種証明書の取得とe-Taxでの送信までできるケースが多い。

※情報は万全を期していますが、正確性を保証するものではありません。